Mersin Üniversitesi TBMM’nin 3 Temmuz 1992 tarihinde kabul ettiği 3837 Sayılı Kanun ile kurulmuş 10 Kasım 1992 tarihinde faaliyete geçmiştir. 2005-2006 eğitim-öğretim yılında on dördüncü yaşını dolduran Üniversite ilk mezunlarını 1997 yılı Haziran ayında vermiştir.

Üniversite 1993-1994 eğitim-öğretim yılında Fen-Edebiyat Fakültesi Güzel Sanatlar Fakültesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Mühendislik Fakültesi Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu Mersin Meslek Yüksekokulu Gülnar Meslek Yüksekokulu Mut Meslek Yüksekokulu Tarsus Meslek Yüksekokulu ile lisansüstü programlarını yürütecek Sosyal Bilimler ve Fen Bilimleri Enstitüleri’ne öğrenci alarak eğitim-öğretime başlamıştır.

1995-1996 eğitim-öğretim yılında Su Ürünleri Fakültesi 1998-1999 eğitim-öğretim yılında Tıp Fakültesi faaliyete geçmiştir. 15 Mart 1999 tarihinde de Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Merkezi (Hastanesi) hizmete açılmıştır.

Mersin Üniversitesi mevcut 6 fakültesine 1999 yılında Eğitim Mimarlık Fakültelerini 2000 yılında Eczacılık Fakültesi’ni 2001 yılında Tarsus Teknik Eğitim ve İletişim Fakültelerini ekleyerek fakülte sayısını 11’e çıkarmıştır.

Devlet Konservatuvarı 1994-1995 eğitim-öğretim yılında orta öğretim düzeyinde öğrenci alarak açılmış; 1997-1998 eğitim-öğretim yılında lisans programına başlamıştır. 1998-1999 eğitim-öğretim yılında Sağlık Yüksekokulu 1999-2000 eğitim-öğretim yılında Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu 2002-2003 eğitim-öğretim yılında Takı Teknolojisi ve Tasarımı Yüksekokulu öğretime başlamıştır. Rektörlük Yabancı Diller Bölüm Başkanlığı 2003-2004 eğitim-öğretim yılında Yabancı Diller Yüksekokulu’na dönüştürülmüş 27 Haziran 2005 tarihinde Erdemli Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu 9 Aralık 2005 tarihinde Tarsus Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu ve 30 Eylül 2006 tarihinde ise Silifke Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksek Okulu’nun kurulması ile Yüksekokul sayısı 9’a çıkmıştır.

Kuruluşunda 4 meslek yüksekokulu bulunan Üniversitemizde bugün itibarıyla 11 meslek yüksekokulu bulunmaktadır. Bunlar; Anamur Aydıncık Erdemli Gülnar Mut Silifke Tarsus Mersin Sağlık Hizmetleri Sosyal Bilimler ve Teknik Bilimler meslek yüksekokullarıdır.

Üniversitede Sosyal Bilimler ve Fen Bilimleri Enstitüleri’nin yanı sıra Sağlık Bilimleri Enstitüsü 1999-2000 eğitim-öğretim yılı bahar yarıyılında faaliyete geçerek lisansüstü ve doktora düzeyinde eğitime başlamıştır. Üniversitemde araştırma merkezi sayısı son olarak İleri Teknoloji Eğitim Araştırma ve Uygulama Merkezi’nin de açılmasıyla 14’e yükselmiştir.