Ana madde: Moldova tarihi Moldova tarihi boyunca sık sık işgallere maruz kalmıştır. Cumhuriyet'in esası Prut ve Dinyester nehirlerinin arasında tarihi adı Besarabya olan bölgedir. Hâlen Romanya ve Ukrayna ile iç içe geçmiş olan Moldova toprakları 16. yüzyılda Osmanlı İmparatorluğu'nun egemenliği altına girmiştir. 1812 yılına kadar 300 yıl Boğdan eyaleti olarak Osmanlı İmparatorluğuna bağlı olan ve 1812 yılında Osmanlı-Rus Barış Anlaşmasıyla Rusya'nın egemenliğine giren bölge 1918 yılına kadar Rus İmparatorluğu'nun bir vilayeti olarak kalmıştır. Rusya'nın Kırım Savaşı'nda yenilmesinden sonra Moldova'nın bir kısmı (Güney Besarabya) Romanya'ya geçmiş ancak Rusya 1878'deki Berlin Kongresi ile bu bölgeyi geri almıştır. I. Dünya Savaşından sonra 1918'de bölge Romanya'nın eline geçmiş ve 1924 yılında (o dönemde etnik Ukraynalıların hakimiyetinde olan) Dinyester'in doğu yakasında Moldova Özerk Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti (MÖSSC) kurulmuştur.





1918 yılındaki Romanya'yla Besarabya'nın birleşme antlaşması


1939'daki Nazi-Sovyet Paktı'nın imzalanmasından sonra 1940 yılında Sovyetler Birliği Besarabya'yı yeniden ele geçirmiş ve bu bölgenin büyük bir kısmını MÖSSC ile birleştirmiştir. Almanya'nın SSCB'ne saldırması ile SSCB bir kez daha 1941 Temmuz'unda Moldova'yı Romanya'ya vermek zorunda kalmış ancak Sovyet kontrolü 1944 Ağustos'unda yeniden sağlanmıştır. Moldova'nın şimdiki sınırları Prut ve Dinyester nehirlerinin arasındaki Besarabya denilen tarihi bölgenin SSCB tarafından Romanya'dan alınması ile 1947'de çizilmiştir. Romanya ile ilişkileri kesilmiş Kril alfabesi kullanma zorunluluğu getirilmiş Rusların ve Ukraynalıların endüstriyel bölgelere büyük çaplı göçleri özellikle desteklenmiştir. 1950'lerde ise binlerce etnik Romen Orta Asya'ya göç etmek zorunda bırakılmıştır.
1986'da Sovyet Lideri Gorbaçov tarafından uygulanan Glasnost politikası ile birlikte ulusal ve kültürel bağımsızlık için uğraş veren birçok bağımsız politik grup ortaya çıkmıştır. 1990 Şubat'ında Cumhuriyet'in Yüksek Sovyet (Parlamento) seçimleri yapılmıştır. Moldova'nın bağımsızlık ve reformlara yönelik çalışmaları 1990 yılında artmıştır. Serbest piyasa ekonomisine geçiş yolunda çalışmalara bu yıl içerisinde başlanmıştır. Yine aynı yılın ilkbaharında yapılan seçimlerde Moldova Halk Cephesi Parlemento'da çoğunluğu sağlamış ve Anayasa'da bir dizi değişiklik yapılmıştır. Pek çok Sovyet Cumhuriyeti'nde tam bağımsızlık Moskova'daki başarısız darbe girişimi sonucunda kazanılmıştır. Darbenin bastırılmasından sonra Moldova 27 Ağustos 1991'de bağımsızlığını kazanmıştır. Bu hareketin ardından Ukrayna sınırında gümrük ofisleri açılmış ve Rus askerlerinin Cumhuriyet'ten ayrılması talep edilerek Moldova Ulusal Ordusu kurulmuştur. 21 Aralık 1991 tarihinde Moldova yönetimi halkın büyük ölçüde karşı çıkmasına rağmen Almatı'da yapılan toplantıda eşit ve kurucu üye olarak Bağımsız Devletler Topluluğu'nun oluşmasına yönelik anlaşmayı imzalamıştır.
Sovyetler Birliği'nin dağılmasından sonra uluslararası sistemin gündemini meşgul eden etnik sorunlar Moldova'nın da gündemini şekillendirecek potansiyel bir faktör olarak karşımıza çıkmaktadır. Ancak Gagoğuzlara verilen özerklik Sovyetler Birliğinin dağılmasından sonra barışçı yolla çözümlenen ilk ve tek etnik sorun olma özelliğini korumaktadır.